3 Installation et Configuration

3.1 Prérequis : R, RStudio, LaTeX, Pandoc

Avant de commencer à créer un livre avec Bookdown, il est essentiel d’avoir un environnement de travail bien configuré. Cette section présente les outils requis ainsi que leur rôle.

3.1.1 R

Bookdown est un package du langage R. Il faut donc que R soit installé sur votre ordinateur.

🔗 Téléchargement : https://cran.r-project.org
Version recommandée : 4.0 ou supérieure

Vérifiez votre version avec :

version

3.1.2 RStudio

RStudio est l’environnement de développement recommandé. Il facilite la création, l’organisation et la compilation de projets Bookdown.

Il intègre Pandoc, le moteur de conversion utilisé par Bookdown
Il fournit une interface graphique simple pour créer un projet et le compiler

3.1.3 LaTeX (pour la génération PDF)

Pour produire un livre en PDF, il faut une distribution LaTeX. La méthode la plus simple consiste à utiliser le package tinytex, qui fournit une version légère et portable de LaTeX.

# Installation du package tinytex
install.packages("tinytex")

# Installation de TinyTeX (LaTeX minimal)
tinytex::install_tinytex()

# Vérification de l’installation
tinytex::is_tinytex()

🕒 L’installation de TinyTeX peut prendre quelques minutes mais ne doit être faite qu’une seule fois.

3.1.4 Package `remotes` (optionnel)

Le package remotes permet d’installer Bookdown depuis GitHub (utile pour accéder à la version de développement avec les dernières fonctionnalités).

install.packages("remotes")

3.1.5 Récapitulatif

Outil	Rôle	Obligatoire ?
R	Langage principal utilisé par Bookdown	✅ Oui
RStudio	Environnement de développement intégré	✅ Oui
Pandoc	Conversion vers HTML/PDF/EPUB/Word	✅ Oui (inclus)
LaTeX	Génération de documents PDF	✅ Oui
tinytex	Distribution LaTeX recommandée	✅ Oui
remotes	Installation avancée depuis GitHub	❌ Optionnel

Une fois ces outils en place, vous pouvez passer à l’installation du package bookdown.

3.2 Installation de Bookdown

Une fois R, RStudio, Pandoc et LaTeX installés, vous pouvez procéder à l’installation du package bookdown.

3.2.1 Installation stable depuis le CRAN

La version stable du package bookdown est disponible sur le CRAN (le dépôt officiel de R).

install.packages("bookdown")

Cela garantit une version stable, testée et compatible avec les autres packages du CRAN.

3.2.2 Vérification de l’installation

Après l’installation, chargez le package pour vérifier qu’il fonctionne correctement :

library(bookdown)

Pour afficher la version installée :

packageVersion("bookdown")

3.2.3 Installation de la version de développement (optionnel)

Si vous souhaitez accéder aux toutes dernières fonctionnalités ou corriger un bug résolu récemment, vous pouvez installer la version de développement directement depuis GitHub :

r
# Assurez-vous d'avoir installé 'remotes' (voir Partie 1)
remotes::install_github("rstudio/bookdown")

Attention : cette version peut contenir des changements encore en test. À réserver à des utilisateurs expérimentés ou à ceux qui veulent contribuer au développement.

3.2.4 Exemple de vérification automatisée

Voici un script simple qui installe bookdown seulement s’il n’est pas encore installé :

if (!requireNamespace("bookdown", quietly = TRUE)) {
  message("Le package 'bookdown' n'est pas installé. Installation en cours...")
  install.packages("bookdown")
} else {
  message("Le package 'bookdown' est déjà installé. Version actuelle : ", packageVersion("bookdown"))
}

Avec bookdown installé et fonctionnel, vous êtes prêt à créer votre premier projet.
Passons maintenant à la création d’un projet Bookdown dans RStudio.

#Création d’un Livre avec Bookdown

Une fois bookdown installé, vous êtes prêt à créer votre premier projet de livre. Bookdown fournit un modèle de projet prêt à l’emploi, que vous pouvez personnaliser facilement.

3.3 Créer un projet Bookdown avec RStudio

La méthode la plus simple consiste à utiliser l’interface de RStudio :

Allez dans File > New Project > New Directory
Sélectionnez Book Project using bookdown
Donnez un nom à votre projet (ex. MonLivre)
Cochez l’option pour initialiser un dépôt Git (optionnel mais recommandé)
Cliquez sur Create Project

Cette opération crée automatiquement une structure de base

3.4 Créer un squelette de livre avec R (alternative sans interface)

Tu peux aussi générer manuellement un squelette de livre avec cette commande :

bookdown::bookdown_skeleton(getwd())

Cela crée les fichiers essentiels dans ton répertoire de travail courant.

Ci-dessous, une vidéo locale illustrant ces étapes dans RStudio :

3.5 Contenu des fichiers principaux

3.5.1 fichier `index.Rmd`

Le fichier index.Rmd est le point de départ de ton livre Bookdown. Il joue un rôle central :

Il contient le bloc YAML d’en-tête, où sont définis le titre, l’auteur, la date, les fichiers de bibliographie, le format de sortie (gitbook, pdf_book, etc.).
Il est toujours compilé en premier, même s’il n’est pas listé dans _bookdown.yml.
Dans les versions HTML, il fait office de page d’accueil du site.

Voici un exemple d’en-tête minimal :

---
title: "Titre du Livre"
author: "Ton Nom"
date: "2025-04-19"
site: bookdown::bookdown_site
output: bookdown::gitbook
bibliography: [book.bib]
---

Ce fichier peut aussi contenir une introduction au livre, une préface ou des objectifs pédagogiques. Il ne doit contenir qu’un seul titre de niveau #, sinon Bookdown le découpe en plusieurs chapitres.

3.5.2 fichier `_bookdown.yml`

Ce fichier de configuration contrôle la structure logique du livre et le comportement général de la compilation. Il est écrit au format YAML, et accompagne index.Rmd dans le dossier racine du projet.

Voici un exemple typique :

book_filename: "MonLivre"
rmd_files: [
  "index.Rmd",
  "01-introduction.Rmd",
  "02-methodes.Rmd",
  "03-resultats.Rmd"
]
new_session: true

###Que signifient ces options ?

book_filename : définit le nom de base des fichiers de sortie (par exemple MonLivre.html, MonLivre.pdf, MonLivre.epub).
> Si cette ligne est omise, le nom du dossier du projet est utilisé par défaut.
rmd_files : liste, dans l’ordre souhaité, les fichiers .Rmd à compiler.
> Cela te permet de forcer un ordre personnalisé, même si les noms de fichiers ne sont pas numérotés.
new_session : si true, chaque chapitre est exécuté dans une session R indépendante.
> Cela améliore la reproductibilité, car aucun objet n’est “hérité” d’un chapitre précédent.
> Si tu veux partager des objets entre chapitres, tu peux mettre false, mais ce n’est pas recommandé.

3.5.2.1 Bonnes pratiques

Garde une structure claire et numérotée dans rmd_files (01-, 02-…) pour t’y retrouver facilement.
Active toujours new_session: true pour éviter les effets de bord liés à la mémoire R.
Ne liste que les fichiers que tu veux vraiment voir apparaître dans le livre final.

Ce fichier est léger mais fondamental : il permet à Bookdown de savoir quoi compiler, dans quel ordre, et avec quelle logique d’exécution.

3.5.3 fichier `_output.yml`

Le fichier _output.yml permet de définir les formats de sortie de ton livre (HTML, PDF, ePub, Word, etc.) et de personnaliser leur rendu. Il complète les informations de l’en-tête YAML de index.Rmd, en centralisant toutes les options de mise en forme et de style.

3.5.3.1 Exemple typique :

bookdown::gitbook:
  css: style.css
  config:
    toc:
      collapse: section
    download: ["pdf", "epub"]

bookdown::pdf_book:
  latex_engine: xelatex
  toc: yes
  toc_depth: 2

3.5.3.2 Détails des options

3.5.3.2.1 `bookdown::gitbook`

Ce bloc configure la version HTML du livre, idéale pour le web.

css: style.css : permet d’appliquer une feuille de style personnalisée pour modifier l’apparence du site (couleurs, polices, marges, etc.)
config: :
- toc: : personnalise la table des matières (ici, les sections peuvent être repliées)
- download: : affiche des boutons de téléchargement en haut du site, pour les autres formats disponibles (PDF, EPUB, etc.)

Le format gitbook est parfait pour une lecture interactive avec navigation par chapitre à gauche et il offre plus de flexbilité. C’est d’ailleurs sur ce dernier que nous nous concentrerons le plus tout au long de ce traval

3.5.3.2.2 `bookdown::pdf_book`

Ce bloc configure la version PDF du livre, générée via LaTeX.

latex_engine: xelatex : moteur LaTeX recommandé (gère mieux les polices modernes et les caractères spéciaux)
toc: yes : indique si une table des matières doit être incluse dans le PDF
toc_depth: 2 : spécifie le niveau de profondeur de la table des matières (par exemple : chapitre + sections)

Tu peux aussi ajouter d’autres options, comme keep_tex: true (pour conserver le fichier .tex), ou includes: pour inclure un fichier preamble.tex.

####️ Ce que tu peux personnaliser

Le style HTML : en ajoutant un fichier style.css dans ton projet (modifie l’aspect du texte, des titres, des liens…)
Le rendu PDF : via LaTeX (xelatex conseillé pour la langue française)
Les formats proposés au téléchargement : tu peux proposer .pdf, .epub, .docx, etc.

En résumé, _output.yml te permet de piloter précisément l’apparence de chaque version de ton livre, sans toucher au contenu. C’est la couche “design” de Bookdown.

3.6 A retenir

À ce stade, tu disposes de tous les éléments de base pour démarrer ton livre avec Bookdown. Voici les points essentiels à retenir :

3.6.1 `index.Rmd` : le cœur du projet

Ce fichier est indispensable : il contient les métadonnées globales du livre (titre, auteur, bibliographie, format de sortie…).
Il sert aussi de chapitre d’introduction ou de page d’accueil, notamment dans les formats HTML.
Il est toujours traité en premier, même s’il n’est pas listé dans _bookdown.yml.

3.6.2 Les chapitres sont des `.Rmd` numérotés

Chaque chapitre du livre est un fichier .Rmd distinct.
Il est fortement recommandé d’utiliser une numérotation (01-, 02-, etc.) pour faciliter la lecture et l’organisation.
Les fichiers sont listés dans l’ordre voulu dans _bookdown.yml, ce qui détermine la structure logique du livre.

3.6.3 Configuration centralisée dans les fichiers `.yml`

_bookdown.yml définit :
- L’ordre des chapitres (rmd_files)
- Le nom du fichier de sortie (book_filename)
- Le comportement d’exécution (new_session)
_output.yml précise :
- Les formats de sortie du livre (gitbook, pdf_book, etc.)
- Le style et les options visuelles (CSS, moteur LaTeX, table des matières, boutons de téléchargement…)