Föll í R - Dæmi

3.1 Lýsing

table_one er fall sem býr til dæmigerða ‘töflu eitt’ fyrir vísindagrein. Það skilar töflu þar sem valdar breytur eru bornar saman eftir gildum tilgreindrar breytu. Fyrir samfelldar breytur fáum við meðaltöl og staðalfrávik, fyrir tvíkosta breytur eru gefnar prósentur (hlutfall gilda sem eru ‘1’)

3.2 Breytur

Fallið tekur eftirfarandi breytur:

data
var_cont: vigur með heitum á samfelldum breytum.
var_bin: vigur með heitum á tvíkosta breytum (þurfa að taka gildin 0 eða 1).
comparing: heiti breytu sem skilgreinir dálka í töflunni. Getur tekið tvö eða fleiri gildi. ATH að ekki er hægt að skilgreina nýja breytu eftir gildum annarrar með beinum hætti, eins og t.d. comparing <- "glyhb > 6.5"'. comparing breytan þarf að hafa sinn eigin dálk.

3.3 Skilgreining

source("https://raw.githubusercontent.com/eythorbj/R/master/functions/function_table_one.R")

3.4 Dæmi 1

var_cont <- c("age", "weight", "waist", "chol", "stab.glu", "hdl", "ratio", "bp.1s")
var_bin <- c("male")
comparing <- "dm"

table_one(data = data, var_cont = var_cont, var_bin = var_bin, comparing = comparing) %>%
  kable(align = 'c', caption = "Patient characteristics") %>%
  add_header_above(c(" " = 2, "Diabetes mellitus" = 2))

Table 3.1: Patient characteristics
		Diabetes mellitus
Variable	Statistic	0	1
	n	330	60
age	Mean (SD)	44.66 (16.11)	58.4 (13.12)
weight	Mean (SD)	174.6 (39.84)	192.71 (40.68)
waist	Mean (SD)	37.35 (5.6)	40.88 (5.75)
chol	Mean (SD)	203.39 (41.14)	228.6 (56.53)
stab.glu	Mean (SD)	91.55 (26.87)	194.17 (77.44)
hdl	Mean (SD)	51.18 (17.25)	45.28 (16.85)
ratio	Mean (SD)	4.32 (1.44)	5.63 (2.63)
bp.1s	Mean (SD)	135.19 (22.93)	147.77 (20.5)
male	Percentage	41.21	43.33

3.5 Dæmi 2

Flokkað eftir breytu með þrjú möguleg gildi.

var_cont <- c("age", "weight", "waist", "chol", "stab.glu", "hdl", "ratio", "bp.1s")
var_bin <- c("male", "dm")
comparing <- "frame"

table_one(data = data, var_cont = var_cont, var_bin = var_bin, comparing = comparing) %>%
  kable(align = 'c', caption = "Patient characteristics") %>%
  add_header_above(c(" " = 2, "Frame" = 3))

Table 3.2: Patient characteristics
		Frame
Variable	Statistic	large	medium	small
	n	103	184	104
age	Mean (SD)	52.84 (15.77)	45.71 (15.39)	42.21 (15.54)
weight	Mean (SD)	203.81 (43.19)	178.31 (33.85)	150.96 (29.99)
waist	Mean (SD)	41.82 (5.53)	37.89 (4.98)	34.05 (4.62)
chol	Mean (SD)	208 (43.25)	213.54 (45.76)	197.5 (39.13)
stab.glu	Mean (SD)	121.2 (63.68)	104.29 (49.88)	95.97 (44.38)
hdl	Mean (SD)	44.6 (13.36)	50.8 (17.44)	55.54 (17.72)
ratio	Mean (SD)	4.99 (1.5)	4.64 (1.95)	3.85 (1.27)
bp.1s	Mean (SD)	141.18 (19.81)	137.76 (24.27)	130.03 (21.16)
male	Percentage	59.22	36.96	33.65
dm	Percentage	23.23	14.61	8.82

3.6 Dæmi 3

Engar flokkabreytur.

var_cont <- c("age", "weight", "waist")
comparing <- "frame"

table_one(data = data, var_cont = var_cont, comparing = comparing) %>%
  kable(align = 'c', caption = "Patient characteristics") %>%
  add_header_above(c(" " = 2, "Frame" = 3))

Table 3.3: Patient characteristics
		Frame
Variable	Statistic	large	medium	small
	n	103	184	104
age	Mean (SD)	52.84 (15.77)	45.71 (15.39)	42.21 (15.54)
weight	Mean (SD)	203.81 (43.19)	178.31 (33.85)	150.96 (29.99)
waist	Mean (SD)	41.82 (5.53)	37.89 (4.98)	34.05 (4.62)

3 table_one